select * from ANALYTES a
inner join ANALYTE_ALIASES aa
on aa.ANALYTE_ID = a.ANALYTE_ID
where aa.ALIAS = :the alias

from ANALYTE a where a.ID in (select ANALYTE_ID from ANALYTE_ALIAS where ALIAS = :alias)

<class name="AMEC.EE.Sage.Domain.Persistence.Adm.Proxy.Analyte, Sage.Domain.Persistence.Adm"
         table="ANALYTES"
         schema="ADM"
         lazy="false">
    <id name="id"
        column="ANALYTE_ID"
        type="System.Int32"
        access="field"
        unsaved-value="0">
      <generator class="identity" />
    </id>
    <property name="CommonName"
              column="COMMON_NAME"
              type="System.String"
              length="150"
              not-null="true"
              unique="false" />
    <property name="ShortName"
              column="SHORT_NAME"
              type="System.String"
              length="35"
              not-null="false"
              unique="false" />
    <property name="RowGuid"
              column="ROWGUID"
              type="System.Guid"
              not-null="true"
              unique="true" />
    <bag name="Aliases"
         inverse="false"
         cascade="all-delete-orphan"
         lazy="true"
         table="ANALYTE_ALIAS"
         schema="ADM">
      <key column="ANALYTE_ID" />
      <element column="ALIAS"
               type="System.String"
               length="150"
               not-null="true"
               unique="true" />
    </bag>
    <!-- TODO: Map alternate IDs-->
    <map name="AlternateIDs"
         inverse="false"
         cascade="all-delete-orphan"
         lazy="true"
         schema="ADM"
         table="ANALYTE_IDS">
      <key column="ANALYTE_ID"/>
      <index-many-to-many column="ENTITY_ID"
                          class="AMEC.EE.Sage.Domain.Entities.Core.IEntity, Sage.Domain.Entities.Core"/>
      <element column="ALT_ID"
               type="System.String"
               length="50"
               not-null="true"
               unique="false"/>             
    </map>
  </class>

public IAnalyte FindByAlias(string alias) {
            string query =
                "select * from ADM.ANALYTES a where a.ANALYTE_ID in "+
                "(select ANALYTE_ID from ADM.ANALYTE_ALIAS where ALIAS = :alias)";
            IList<IAnalyte> results = HibernateTemplate.ExecuteFind(new FindHibernateDelegate<IAnalyte>(
                                                     delegate(ISession session)
                                                         {
                                                             return session.CreateSQLQuery(query)
                                                                 .AddEntity(typeof(Analyte))
                                                                 .SetParameter("alias", alias, NHibernateUtil.String)
                                                                 .List<IAnalyte>();
                                                         }));
            if (results != null && results.Count == 1)
                return results[0];
            return null;
        }