Class hierarchy
==========
     Model
       |
   ---------
   |         |
  Root   NodeElem
            |
        -----------
        |            |
       Node       Leaf

Object Graph
========
  root -> nodes
  node -> nodeelems
All these relationships are bidirectional
Therefore a node's parent can either be a Root or a NodeElem.

Mapping file
========
<hibernate-mapping>
    <class name="net.sf.hibernate.examples.Root" table="eg_root" dynamic-update="false" dynamic-insert="false">
        <id name="id" column="id" type="java.lang.String" unsaved-value="null">
            <generator class="uuid.hex"/>
        </id>
        <version name="version" type="int" column="version"/>
        <bag name="nodes" lazy="false" inverse="true" cascade="save-update">
            <key column="root_id"/>
            <one-to-many class="net.sf.hibernate.examples.Node"/>
        </bag>
    </class>
         
    <class name="net.sf.hibernate.examples.NodeElem" table="eg_nodeelem" dynamic-update="false" dynamic-insert="false">
        <id name="id" column="id" type="java.lang.String" unsaved-value="null">
            <generator class="uuid.hex"/>
        </id>
        <version name="version" type="int" column="version"/>
        <many-to-one name="parentNodeElem" column="node_id" not-null="false" cascade="save-update"/>

        <joined-subclass name="net.sf.hibernate.examples.Node" table="eg_node" dynamic-update="false" dynamic-insert="false">
            <key column="id"/>
            <many-to-one name="parentRoot" column="root_id" not-null="false" cascade="save-update"/>
            <bag name="nodeElem" table="NodeElem" lazy="false" inverse="true" cascade="save-update">
                <key column="node_id"/>
                <one-to-many class="net.sf.hibernate.examples.NodeElem"/>
            </bag>
        </joined-subclass>

        <joined-subclass name="net.sf.hibernate.examples.Leaf" table="eg_leaf" dynamic-update="false" dynamic-insert="false">
            <key column="id"/>
            <property name="name" type="java.lang.String" update="true" insert="true" column="name"/>
        </joined-subclass>
    </class>
</hibernate-mapping>

Test Classes
sf.net.hibernate.example.Main
-----------------------------
package net.sf.hibernate.examples;

import java.util.Iterator;

import net.sf.hibernate.Query;
import net.sf.hibernate.Session;
import net.sf.hibernate.SessionFactory;
import net.sf.hibernate.Transaction;
import net.sf.hibernate.cfg.Configuration;
import net.sf.hibernate.cfg.Environment;

/**
* @author garym
* Main
*/
public class Main {

    static void print( Root r ) {
        System.out.println( r );
        for( Iterator it = r.getNodes().iterator() ; it.hasNext() ; ) {
            Node n = (Node) it.next();
            recurseNode( n , "\t" );
        }
    }
     
    static void recurseNode( Node n , String pretty ) {
        System.out.println( pretty + n.toString() + "\t parent:" + n.getParent() );
        for( Iterator it2 = n.getNodeElem().iterator(); it2.hasNext() ; ) {
            NodeElem ne = (NodeElem) it2.next();
            if( ne instanceof Node )
                recurseNode( (Node) ne , pretty + "\t" );
            else
                System.out.println( pretty + "\t" + ne.toString() + "\t parent:" + ne.getParent()  );
        }
    }
     
    public static void main(String[] args)
        throws Exception
    {
        SessionFactory sessionFactory =
            new Configuration()
                .configure( "/net/sf/hibernate/examples/hibernate.cfg.xml" )
//                .setProperty(Environment.HBM2DDL_AUTO, "create")
                .buildSessionFactory();
//
        for( int i = 0 ; i < 1 ; i++ ) {
            Session session = sessionFactory.openSession();
//
            Root r = null;
            Query query = session.createQuery("select r from Root as r");
            Iterator it = query.iterate();
            if( it.hasNext() ) {
                r = (Root) it.next();
                System.out.println("Retrieved" );
                Iterator it2 = r.getNodes().iterator();
                if( it2.hasNext() ) {
                    Node n = (Node) it2.next();
                    Node n2 = new Node();
                    n2.addNodeElem( new Leaf("new") );
                    n.addNodeElem( n2 );
                }
                print(r);
                 
            } else {
                System.out.println("No Root found" );
                r = new Root();
                Node n = new Node();
                n.addNodeElem( new Leaf("Moe")   );
                n.addNodeElem( new Leaf("Curly") );
                n.addNodeElem( new Leaf("Larry") );
                r.addNode( n );
                print( r );
            }

            Transaction xaction= session.beginTransaction();
            System.out.println("Started Trans" );
            session.saveOrUpdate(r);
            System.out.println("Saved" );
            xaction.commit();
            System.out.println("Committed" );
            session.close();
        }
        sessionFactory.close();
    }
}

Model
-----
package net.sf.hibernate.examples;

/**
* @author garym
* Model
*/
public class Model
{
    String id;
    int ver;
    Model parent;
     
    void setParent( Model p ) {
// THIS IS THE WORK AROUND
//        if( p == null ) {
//////            parent = null;
//            return;
//        }
        if( parent != null && !p.equals(parent) )
            throw new RuntimeException("Parent can only be set twice \nthis:'"+this+"'\nparent:'" + p + "'");
        parent = p;
    }
     
    Model getParent( ) {
        return parent;
    }
     
    void setVersion( int v ) {
        ver = v;
    }
    int getVersion() {
        return ver;
    }
     
    void setId( String id ) {
        this.id = id;
    }
    String getId() {
        return id;
    }
}


Root
----
package net.sf.hibernate.examples;

import java.util.ArrayList;
import java.util.List;

/**
* @author garym
* Root
*/
public class Root
extends Model
{
    List nodes;
         
    Root() {};
     
    List getNodes() {
        return nodes;
    }
     
    void setNodes( List nodes ) {
        this.nodes = nodes;
    }
     
    void addNode( Node c ) {
        if(nodes == null) nodes = new ArrayList();
        nodes.add(c);
        c.setParent( this );
    }
     
//    public String toString() {
//        return nodes == null ? "[]" : nodes.toString();
//    }
}


NodeElem
--------
package net.sf.hibernate.examples;

/**
* @author garym
*/
public class NodeElem
extends Model
{
    void setParentNodeElem( NodeElem p ) {
        setParent(p);
    }
    NodeElem getParentNodeElem() {
        return (NodeElem) getParent();
    }
}

Node
----
package net.sf.hibernate.examples;

import java.util.ArrayList;
import java.util.List;

/**
* @author garym
*/
public class Node
extends NodeElem
{
    List nodeElems;

    Node() {};
     
    void setParentRoot( Root p ) {
        setParent(p);
    }
    Root getParentRoot() {
        Model p = getParent();
        if( p instanceof Root )
            return (Root) p;
        return null;
    }
     
    NodeElem getParentNodeElem() {
        Model p = getParent();
        if( p instanceof NodeElem )
            return (NodeElem) p;
        return null;
    }
     
    List getNodeElem() {
        return nodeElems;
    }
     
    void setNodeElem( List nodeElems ) {
        this.nodeElems = nodeElems;
    }
     
    void addNodeElem( NodeElem c ) {
        if(nodeElems == null)
            nodeElems = new ArrayList();
        nodeElems.add(c);
        c.setParent( this );
    }

//    public String toString() {
//        return nodeElems == null ? super.toString() + "[]" : super.toString() + nodeElems.toString();
//    }
}

Leaf
----
package net.sf.hibernate.examples;

/**
* @author garym
* Child
*/
public class Leaf
extends NodeElem
{
    String name;
    Leaf() {}
     
    Leaf( String name  ) {
        setName(name);
    }
     
    void setName( String name ) {
        this.name = name;
    }
     
    String getName() {
        return name;
    }
     
    public String toString() {
        return "name:'" + name + "'";
    }
}