<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
<hibernate-mapping xmlns="urn:nhibernate-mapping-2.0">
   <class name="GS.Catalog.Item,GS.Catalog" table="gsc_Item" lazy="true">

   <id name="Id" column="id" type="String">
      <generator class="assigned"/>
   </id>
      ....
    <set name="Categories" table="gsc_Categorization">
      <key column="itemId"/>
      <many-to-many column="categoryId" class="GS.Catalog.Category, GS.Catalog"/>
    </set>
   </class>
</hibernate-mapping>

public override void DeleteItemCategories(string id)
        {
            ISession session = NHibernateHelper.GetCurrentSession();
            ITransaction tx = session.BeginTransaction();
            Item item = (Item)session.Get(typeof(Item), id);
            item.Categories.Clear();
            session.Update(item);
            tx.Commit();
            NHibernateHelper.CloseSession();
        }