Essaye de lancer eclipse avec l'option -clean.
Essaye aussi clic droit sur ton fichier hmb.xml et "open with" et la tu selectionne l'editeur hibernate car par defaut ça doit pas etre le bon :)
il ne me semble pas qu'il faille de prérequis.
Sinon tu peux tjs essayer l'install via un remote site
hibernate tools se trouve sur le repository de jboss :
Eclipse 3.0 et inférieur:
http://download.jboss.org/jbosside/updates/stable
Eclipse 3.1
http://download.jboss.org/jbosside/updates/development
version unstable pour l'instant pour eclipse 3.1 (enfin pour jboss peut etre que hibernate tools stable peut fonctionner sous eclipse 3.1... faut tester).