Bon, j'ai trouvé la solution moi meme, mais au cas ou quelqu'un soit intéressé et passe par là, voilà une méthode :
Mes classes auto-générées sont dans le package model.base, mes classes qui dérivent sont dans le package model
Code:
<hibernate-mapping package="[mon projet].model">
<class name="MaClasse" table="maTable">
<meta attribute="generated-class">[mon projet].model.base.MaClasse</meta>
<meta attribute="class-description">
Et voilà, maintenant je peux manipuler les classes dans le package model normalement